تفاوت پایان نامه نسبت به پروپوزال به صورت کلی در موارد زیر است 

1-    از نظر محتوا پروپوزال دارای قسمت های اولیه وکوتاه بیان مسئله، اهداف و فرضیات، بررسی متون و روش کار است در حالی که پایان نامه  علاوه بر قسمت های پروپوزال حاوی آنالیز آماری و بیان نتایج تحقیق ، بحث ، نتیجه گیری ، چکیده فارسی و انگلیسی می باشد .

2-     پایان نامه فرصتی است که نکات و یافته های فراموش شده در پروپوزال و یافته های جدیدی که بعد از ثبت پروپوزال  به چاپ رسیده است اضافه گردد، اشکالات اولیه اصلاح گردد و توصیفی وسیعتر در مورد موضوع پایان نامه ارائه شود.

3-    پایان نامه واحد درسی است اما پروپوزال این طور نمی باشد.

4-    هر پروپوزال الزاما به معنی پایان نامه نیست اما برای نوشتن پایان نامه نیاز به پیش نویس اولیه یا همان پروپوزال است.

5-    پایان نامه به شکل کتابچه می باشد اما پروپوزال فرمت کتابچه ای ندارد.

باید توجه کرد که باید به محتوای پروپوزال شامل تعداد فرضیات و اهداف پایبند بود و آنها پس از تصویب پروپوزال قابل حذف نیست مثلا اگر 5 هدف اختصاصی در پروپوزال آمده نمی شود بعد از تصویب حتی یک مورد آن را برای ساده شدن کار حذف کرد.